A Escola Frei Luís de Sousa é a que anteriormente se denominava de Escola nº 49.
Antes dos anos sessenta desdobrava-se em duas escolas, de acordo com a separação de géneros: a Escola nº 49, para o sexo masculino, que funcionava em frente à entrada do Jardim Zoológico e a Escola nº 50, para o sexo feminino, que funcionava num prédio do início da Estrada de Benfica.
O actual edifício foi construído em 1961, ainda formado por dois blocos isolados e dois recreios separados, de modo a integrar as antigas escolas masculina e feminina, como ainda se pode ver na inscrição da entrada de um dos portões.
Depois do 25 de Abril de 1974, para concretizar a co-educação, foram derrubados alguns muros de modo a unir os dois blocos.
Enquanto instituição, estas escolas remontam à Primeira República, como comprovam os livros de ponto ainda existentes no seu espólio, para além de outros materiais da época.
A escolha de Frei Luís de Sousa para patrono da Escola provém do facto de este ter passado parte da sua vida na zona que actualmente constitui a Freguesia de S. Domingos de Benfica, encontrando-se sepultado na Igreja de Nossa Senhora do Rosário.
